很久以前，在宇宙中被粉碎的恶魔碎片，如今仍然祸乱着整个宇宙。一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。经过一番激战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。在地球上，人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库（storage）”。在这支部队中有一位热血青年——夏川春树。宇宙怪兽到达地球的那一刻，泽塔奥特曼和春树相遇了。自此两位热血青年的战斗故事开始了 。
舞台剧演员高濑川玄（役所广司 饰）曾在英国伦敦莎士比亚环球剧院实现日本人首次主演的荣耀，却因某些原因无法回国，时隔约两年终于回到日本。然而，对于极度需要外界认可的高濑川玄来说，最大的悲剧降临了——他彻底被全世界遗忘。
有一天，馬古路星人及孿生怪獸來襲地球。當時身任地球防衛隊MAC的隊長諸星團，立即變身為賽文奧特曼迎戰。但不敵，幸得雷歐奧特曼現身相助，才合力把怪獸趕走。
